De par leur nature même, les mesures SPS peuvent entraîner des restrictions au commerce.
Tous les gouvernements acceptent que des restrictions commerciales puissent être nécessaires pour garantir l’innocuité des produits alimentaires ainsi que la protection de la santé des animaux et la préservation des végétaux. Toutefois, des pressions sont parfois exercées sur les gouvernements pour qu’ils aillent au-delà de ce qui est nécessaire à la protection de la santé et pour qu’ils appliquent des mesures SPS afin de mettre les producteurs nationaux à l’abri de la concurrence économique.
Ce type de pression risque de s’accroître à mesure que d’autres obstacles au commerce sont abaissés en application des Accords du Cycle d’Uruguay.
Une mesure SPS qui n’est pas réellement nécessaire pour des raisons sanitaires peut être un instrument de protectionnisme très efficace et, du fait de sa complexité technique, un obstacle particulièrement trompeur et difficile à surmonter.